O ex-Senador Luiz Estêvão é o responsável pela criação do Brasiliense. Após deixar o Senado, tendo seu mandato cassado, resolveu investir no futebol. Comprou o time Atlântida Futebol Clube, da cidade satélite de Taguatinga, e o transformou no Brasiliense Futebol Clube em 01 de agosto de 2000.
Neste mesmo ano disputou o campeonato Metropolitano de Brasília da segunda divisão, tornando-se o campeão. Um ano após, em 2001, se tornaria vice-campeão brasiliense da principal divisão, tendo inclusive, feito o artilheiro do campeonato, Weldon com 13 gols.
Em 2002, o clube surpreendeu o Brasil ao chegar as finais da segunda competição mais importante do país - a Copa do Brasil - disputando a grande final com o Corinthians; empatou a primeira partida em 1 a 1 e perdeu a segunda por 2 a 1. No brasileirão da Série C conquista o título e fez os artilheiros da competição: Túlio e Wellington Dias, com 11 gols cada. A nível metropolitano (campeonato brasiliense), ficou na 3ª posição. Foi o melhor ano na pequena história do clube.
No ano de 2004, conquista seu segundo título nacional, o Brasileiro da Série B. E, conquista pela primeira vez, o campeonato metropolitano.
2005 - estréia no principal campeonato nacional, a Série A, contra o Vasco da Gama, no Estádio Mané Garrincha, empatando com o clube carioca por 2 a 2. No entanto, acabou por perder os pontos para o adversário, por vender ingressos quando deveria atuar com portões fechados. No brasileirão Série A, acabou por ficar na última colocação, com 41 pontos em 42 jogos, sendo rebaixado. O clube nunca mais retornou para a elite do futebol brasileiro.
Nos anos que seguem conquista o campeonato metropolitano (2006, 2007, 2008 e 2009), somando seis títulos consecutivos, superando o recorde de títulos consecutivos no Distrito Federal que pertencia ao Gama (5 conquistas - 1997 a 2001), seu maior rival.
TODOS OS TÍTULOSCategoria PrincipalBrasileiro Série B 2004
Brasileiro Série C 2002
Copa Verde 2020
Camp. Brasiliense 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2011, 2013, 2017, 2021, 2022
Camp. Brasiliense 2ª Divisão (Série B) 2000
Outras categoriasBrasiliense de Juniores 2003, 2004, 2005, 2006 e 2007
Copa de Futebol Sub 20 2004
HINO - "Vacilou caiu na Boca do Jacaré"
Autor: Walter Queiroz
Com muita raça e toda a nossa vibração
Salve o Brasiliense, futebol clube, meu irmão
No campo, uma pintura, uma aquarela
E na torcida explode essa febre amarela
(Bis)
As cores do meu coração
Verde, amarelo e branco
O meu time é campeão
(Refrão)
É na palma da mão
É com a bola no pé
É na palma da mão
É com a bola no pé
Vacilou caiu na boca, na boca do Jacaré
Pela ordem: Jacaré - Mascote Oficial; Uniforme 1 utilizado em 2007; Uniforme 1 Utilizado em 2001; Troféu do Brasileiro da Série B de 2004.