O Boavista surgiu do antigo e tradicional Esporte Clube Barreira, fundado em 14 de outubro de 1961, e suas cores eram o verde, o vermelho e o branco. Em 2004, um grupo de empresários assumiu o controle do Esporte Clube Barreira, refundando o clube em 10 de março daquele ano com a atual denominação, e atualmente o clube tem como um dos grandes parceiros a
BetGold, que apoia o futebol no Brasil e é patrocinadora do Santo André e do Boavista, e que tem dado bons frutos, principalmente tornando o clube como uma das sensações do campeonato estadual de 2020.
No ano de 2006 o clube conquistou seu primeiro título, o estadual da Série B, onde disputou 22 jogos, com 15 vitórias, seis empates e apenas uma derrota. Seu ataque marcou 53 vezes, sofrendo apenas 17 gols, ficando com um saldo positivo de 36 tentos, tendo os seguintes resultados:
Prineira Fase - Grupo A
08/04- Bonsucesso 0 x 4 Boavista
12/04- Boavista 5 x 0 Rubro
15/04- Macaé 1 x 2 Boavista
19/04- Boavista 2 x 2 Olaria
22/04- Villa Rio 0 x 0 Boavista
26/04- Boavista 2 x 0 São Cristóvão
29/04- Artsul 1 x 1 Boavista
03/05- Boavista 3 x 1 Bonsucesso
07/05- Rubro 1 x 3 Boavista
10/05- Boavista 1 x 0 Macaé
14/05- Olaria 3 x 4 Boavista
17/05- Boavista 4 x 1 Villa Rio
21/05- São Cristóvão 1 x 5 Boavista
27/05- Boavista 3 x 0 Artsul
Segunda Fase - GRUPO D03/06- CFZ do Rio 1 x 1 Boavista
07/06- Estácio de Sá 1 x 0 Boavista
10/06- Boavista 3 x 0 Artsul
14/06- Boavista 3 x 3 CFZ do Rio
17/06- Boavista 3 x 0 Estácio de Sá
21/06- Artsul 0 x 2 Boavista
FINAL25/06- Macaé 1 x 2 Boavista, no Estádio Cláudio Moacyr de Azevedo, em Macaé
02/07- Boavista 0 x 0 Macaé, no Estádio Elcyr Resende de Mendonça, em Saquarema.
O Boavista jamais foi rebaixado após esta conquista.
Em 2007, já na Série A, foi apenas o 11º colocado, onde venceu apenas dois jogos. Mesmo assim, continuou na elite do futebol do Rio de Janeiro em 2008.
No ano seguinte, alcançou a sexta colocação no Campeonato Estadual, ganhando o direito de participar da Série C do Campeonato Brasileiro. Disputou o Grupo 12 na Primeira Fase, terminando esta na segunda colocação. O clube assegurou a vaga para a fase seguinte com uma vitória de 6 a 0 sobre o Linhares Futebol Clube na última rodada. Na Segunda Fase, disputou o Grupo 22, onde foi eliminado na última colocação, encerrando a participação na Série C como apenas o trigésimo melhor time da competição.
Em 2017, a equipe se classificou para a disputa da final da Taça Guanabara contra o Clube de Regatas do Flamengo, após se sagrar vencedor em disputa por pênaltis contra o Fluminense Football Club (o placar foi de 2 a 2 no tempo regulamentar).
A equipe alcançou a quarta colocação no Campeonato Estadual, em 2011, ganhando o direito de participar da Série D do Campeonato Brasileiro de 2011.Porém, abriu mão de participar da competição.
Se mantendo na elite do futebol do Rio de Janeiro, o Boavista alcançou ótimos feitos em 2013: sagrou-se campeão do Torneio Extra e ficou com o vice-campeonato da Copa Rio, garantido novamente a vaga na Série D do Campeonato Brasileiro.
Em 2014, o Clube Ficou em 3º Lugar da Copa Rio e sagrou-se campeão da Taça Rio no Campeonato Carioca. Seu Artilheiro Claudio Pagodinho, Menino Ousado de Saquarema, foi o Artilheiro Carioca com 24 Gols.
Em 2016, com a boa campanha no Campeonato Carioca, o Boavista conseguiu uma vaga para o Campeonato Brasileiro - Série D.
Em 2017, já com o treinador Eduardo Állax, o Boavista foi pela 1ª vez campeão da Copa Rio. No 2o semestre o Verdão classificou em 1o lugar no seu grupo pelo Campeonato Brasileiro - Série D, fato inédito, mas acabou eliminado na fase seguinte pelo Espirito Santo. O ano se encerrou de forma muito especial para o clube e seus atletas/comissão. A pré-temporada para as competições de 2018 foi realizada nos Emirados Árabes Unidos. Durante 15 dias, a equipe participou de treinamentos e partidas amistosas pelo país, disputando assim suas primeiras partidas internacionais. O Verdão voltou para o brasil invicto tendo disputado 4 partidas: 3 vitórias e 1 empate. Foram três partidas (e vitórias) diante de equipes da primeira divisão local e um empate diante de um clube da segunda divisão local.
Em 2018, O Boavista fez uma excelente campanha no Grupo C da Taça Guanabara, avançando para a semifinal com a primeira colocação do grupo e a vantagem do empate. Diante desse cenário, o empate em 2x2 com o Bangu levou o time para a final. Em partida disputada em Cariacica diante do Flamengo, perdeu por 2x0 a final. Já na Taça Rio o Verdão encerrou a fase de grupos com 3 vitórias e 3 derrotas, terminando com o 5o lugar geral no campeonato, atrás apenas dos quatro glandes clubes do Rio.
Em 2020, o Boavista chegou a final da Taça Guanabara, se classificando como o primeiro do seu grupo e eliminando o Volta Redonda na semifinal. Na final, enfrentou o Flamengo, clube na qual tinha enfrentado anteriormente duas vezes em finais de Taça Guanabara: 2011 e 2018. Na terceira final contra o Flamengo na Taça Guanabara, o Boavista chegou a abrir o placar no inicio de jogo. Mas, o Flamengo com um elenco recheado de jogadores estrelados, conseguiu virar a partida e o Boavista se sagrou vice-campeão da Taça Guanabara 2020.
TÍTULOSCampeonato Carioca da Série B: 2006
Copa Rio de Profissionais: 2017
Taça Rio: 2014
Torneio Extra do RJ: 2013