A fundação
O Club Deportivo Águila foi fundado em quinze de fevereiro de 1926, no bairro de San Felipe, na cidade de San Miguel, por um grupo de de 10 jovens, cujo primeiro presidente foi Victor Vanegas, para promover inicialmente o Beisebol, depois o futebol e finalmente o basquete.

A prática do Beisebol e do futebol não tiveram o êxito desejado fazendo com que a diretoria viesse a se dedicar a prática do basquete. Esporte pelo qual teve-se êxito nacional e até internacional.

O futebol
Em 1956, um grupo de associados se reuniram e resolveram investir "pesado" na formação de uma equipe de futebol dentro do clube, tanto que, o futebol, segundo Decreto do Diario Oficial, nasceu em 26 de junho de 1956. Esses associados ficaram com a responsabilidade econômica para manter o time de futebol e formaram uma primeira junta diretiva formada pelo Dr Miguel Charlaix (Presidente); Dr José Estrada, Dr Godofredo Lahúd; Don Ulises Calderón Velasco; Don Ernesto Schaeufler; Don Oscar Humberto Quiróz; e Don José Rogelio Pocasangre. Essa Junta diretiva adquiriu a equipe do Alacranes FC que já jogava na categoria B do futebol salvadorenho, jogando com este nome o torneio de 1956 - somente em 1957 passou a jogar como CD Aguila.

Em 1957, o Aguila, jogou a zona Oriental do campeonato de El Salvador contra o Club Municipal Limeño, para se definir o representante que disputaria uma partida extra com o Atlético Constancia, de San Salvador. O ganhador da partida, no caso o Aguila, ganharia o direito de subir a principal categoria B do futebol nacional.

Ainda em 1957, quando o clube disputava a Liga B, foi convidado pelas autoridades esportivas para participar de um torneio (Copa) com equipes da Liga Mayor A, tendo como primeiro adversário, o Club Dragón. Devido a grande rivalidade entre os torcedores de ambas as equipes, o CD Aguila foi escoltado por membros da Guarda Nacional, tanto na entrada, como na saída do Estádio Oriental, onde foi disputado o jogo e vencido pelo Aguila por 2 a 0.

O CD Aguila é a segunda equipe com maior numero de conquistas em El Salvador. Em 1968 conquistou a Copa Charlaix, taça que era entregue ao clube que vencesse três campeonatos consecutivos ou cinco alternadas - um dos grandes responsáveis pela conquista deste ano foi o técnico brasileiro Silas da Silva. Foi eleita a melhor equipe da década de 60 e 70.