Em 2002, o clube surpreendeu o Brasil ao chegar as finais da segunda competição mais importante do país - a Copa do Brasil - disputando a grande final com o Corinthians; empatou a primeira partida em 1 a 1 e perdeu a segunda por 2 a 1. No brasileirão da Série C conquista o título e fez os artilheiros da competição: Túlio e Wellington Dias, com 11 gols cada. A nível metropolitano (campeonato brasiliense), ficou na 3ª posição. Foi o melhor ano na pequena história do clube.

No ano de 2004, conquista seu segundo título nacional, o Brasileiro da Série B. E, conquista pela primeira vez, o campeonato metropolitano.

2005 - estréia no principal campeonato nacional, a Série A, contra o Vasco da Gama, no Estádio Mané Garrincha, empatando com o clube carioca por 2 a 2. No entanto, acabou por perder os pontos para o adversário, por vender ingressos quando deveria atuar com portões fechados. No brasileirão Série A, acabou por ficar na última colocação, com 41 pontos em 42 jogos.

Nos anos que seguem conquista o campeonato metropolitano (2006, 2007, 2008 e 2009), somando seis títulos consecutivos, superando o recorde de títulos no estado que pertencia ao Gama (5 conquistas - 1997 a 2001), seu maior rival.