Os primeiros clubes de futebol em Valetta surgiram no início do século passado, mas o futebol em Valletta apareceu em 1886. O atual clube naquela época era chamado de Valletta United, sendo o primeiro clube da cidade a tomar parte em competições nacionais. Foi na temporada 1910/1911, da qual tomaram parte da primeira competição oficial da ilha. A equipe foi muito bem e acabou por disputar a final com os "vizinhos e rivais" do Floriana, que desde então, fez com que a rivalidade entre os dois clubes aumentasse ano a ano.
Dois anos depois, o Valletta, tornou-se no primeiro clube a marcar um gol na equipe do Floriana que, até então, jamais havia sofrido um gol pela liga. Os "Citizens" ficaram tão entusiasmados, que acabaram abandonando o campo para comemorar tal feito. Como consequência acabaram por ser punidos das competições da Associação de Futebol de Malta.

No entanto, o Valletta retornou na temporada de 1914/1915 como um furacão e arrebatou para sí os dois títulos mais importantes de Malta; o campeonato nacional e a Cousis Shield (antiga denominação da atual Copa nacional), título que foi ganho também na temporada de 1920/1921 e 1930/1931.
Enquanto a equipe conquistava títulos nacionais, outros clubes da cidade, como o Valletta Rovers, Valletta Preston e Valletta St. Paul´s disputavam apenas torneios do Ministério dos Negócios Estrangeiros. Entre estes clubes apenas o Valletta Rovers viria a disputar por duas vezes o campeonato nacional da primeira divisão.
A Fusão dos três Valletta
Após a final da II Grande Guerra, a Associação de Futebol de Malta decretou que apenas uma equipe por cidade deveria disputar suas competições. Portanto, Valletta Prestons e Valletta St. Pauls fundiram-se com o Valletta United para formar o Valletta Football Club. Esta nova equipe acabou surgindo para quebrar o monopólio da "Old Firm" Floriana e Sliema Wanderers que tinham, até então, conquistado quase que todos os campeonatos desde o início da Associação.
Foto ao lado: Em pé: Bason, Frendo, J. Mallia, Spieri, Huber, Sultana e Gregory;
Ao centro: J. Salinos, Emm, Calleja, Borg, Caruana e Abela; À Frente: Lofaro, Depares, Lucas, Aquilina e Cremona.
Os Títulos do "Novo" VallettaO primeiro título deste novo clube seria em 1944, com a conquista da Malta Cup e, em seguida, viria a conquistar um bicampeonato nacional (1945 e 1946). Neste pequeno meio tempo, em 1945, viria a conquistar também a Cassar Cup, da qual participaram duas equipes do exército e duas da Marinha. Em 1960 veio a primeira conquista do Troféu da Federação (FA Trophy), batendo o Floriana por 3 a 0. Antes desta conquista, o Valetta havia chegado em três finais e sempre ficando com o vice-campeonato.
Em 1960, o clube quiz participar da Copa dos Campeões da Europa, no entanto, a sua candidatura ao torneio foi recusada pois a Associação de Futebol de Malta ainda não havia oficializado sua afiliação à FIFA e, por conta disto, sua primeira aparição em torneios europeus aconteceu na temporada 1963/64.
Após um período de poucos títulos na década de sessenta, em que conquistou apenas um campeonato nacional, uma FA Trophy, duas Scicluna Cup e duas Cassar Cup, o Valleta retornou a grandes glórias nos anos setenta. Primeiro veio a quádrupla coroa na temporada 1974/75 com as conquistas do campeonato nacional, a FA Traphy, a Independence Cup, e a Sons of Malta Cup. Além desta grande conquistas, venceu vários títulos "duplos" anuais.
A década de oitenta foi pequena para a grandeza do clube. Neste período conquistou dois campeonatos nacionais e duas Euro Cups (torneio disputado em Malta).
A década de OuroSem dúvidas, a década de noventa foi a mais gloriosa para o clube, o qual conseguiu vencer todos os campeonatos disputados em Malta por pelo menos duas vezes. A primeira conquista veio em 1991, a FA Trophy. Ganharam a Premier League por quatro vezes, a Rothmans Trophies (FA) por seis vezes, cinco Supercopas, cinco Copas Lowenbrau e outros torneios. Na temporada de 1999/2000, eliminou o Barry Town, de Gales, por 3 a 2 em competição da UEFA.
Listagem das conquistasCampeonato Nacional: 1915, 1932, 1945, 1946, 1948, 1959, 1960, 1963, 1974, 1978, 1980, 1984, 1990, 1992, 1997, 1998, 1999, 2001, 2008, 2011, 2012, 2014, 2016, 2018, 2019
FA Trophy (Copa Nacional): 1960, 1964, 1975, 1977, 1978, 1991, 1995, 1996, 1997, 1999, 2001, 2010, 2014, 2018
Centenary Cup: 2001
National League 100 Anniversary Cup: 2010
Malta Cup: 1944
Supercopa Malta (Rothmans Super Cup/BOV Super Cup): 1990, 1995, 1997, 1998, 1999, 2001, 2008, 2010, 2011, 2012, 2017, 2019, 2020
Super 5 Lottery Tournament: 1993, 1997, 2000 e 2001
Lowenbrau Cup: 1994, 1995, 1996, 1997, 1998 e 2001
Cousis Shield: 1915 e 1921
Cassar Cup: 1944, 1959, 1966 e 1968
Scicluna Cup: 1961 e 1964
Testaferrata Cup: 1980
Coronation Cup: 1953
Sport Festival Shield: 1963
Independence Cup: 1975, 1980
Sons of Malta Cup: 1975 e 1979
Euro Cup & Euro Challenge Cup: 1984, 1988, 1990, 2012, 2014, 2015
Betfair Cup: 2008 (contra a Juventus)
Mare Blue Cup: 2011 e 2012
Melita Cup: 1911
Poppy Day Fund Cup: 1961
Schembry Shield: 1960, 1964 e 1967
Gozo Cup: 2013
Escudos anteriores a 2011Na ordem: O primeiro, o segundo, e o terceiro escudo
