A competição foi idealizada pelas três equipes da América do Sul, até então, campeãs da Copa Intercontinental - Santos, do Brasil, Racing Club, da Argentina e Peñarol, do Uruguai em finais de 1967. A idéia era de usufruir desta conquista única que até o momento Santos e Peñarol haviam conquistado por duas vezes e Racing com uma conquista.

O primeiro torneio foi anunciado em Buenos Aires, na Argentina no final de 1968 pelos dirigentes do Racing e Peñarol, mencionando que a partir da edição de 1969, incluiriam o Estudiantes de La Plata, da Argentina, que em 16 de outubro de 1968, havia conquistado a Copa Intercontinental, ao vencer o Manchester United, da Inglaterra.

A iniciativa dos clubes teve uma recepção positiva na Conmebol, que em seguida, contactou a Uefa para a realização de um torneio semelhante na Europa.

A Uefa resolveu criar a Zona Européia que envolveria Real madrid e Inter de Milão, as únicas equipes que haviam conquistado a Copa Intercontinental no continente, em uma partida eliminatória e, o vencedor desta partida enfrentaria o vencedor da Zona Sulamericana, criando-se uma terceira competição, a Zona Intercontinental. Mas o Real Madrid desistiu da partida e do compromisso firmado, ficando a Internazionale, aguardando o campeão da Zona Sulamericana de 1968/69. E em 1969, o Santos venceu a Inter de Milão numa final realizada na casa do adversário - esta foi a única vez que se disputou a Zona Intercontinental.

A Zona Sulamericana de 1969 teve como campeão o Peñarol, do Uruguai, que era dirigido pelo brasileiro Osvaldo Brandão e que contava com figuras históricas como o goleiro Ladislao Mazurkiewicz, o chileno Elias Figueroa, Pedro Virgilio Rocha, Alberto Spencer e Juan Joya. Do lado europeu, participariam a Internazionale, o Real Madrid e o AC Milan, que havia conquistado a Copa Intercontinental de 1969, mas não se realizou e a competição da Zona Intercontinental se extinguiu.

Uma terceira edição da Zona Sulamericana foi marcada pela Conmebol para 1970 e acabou por não se realizar. O desinteresse dos clubes foi a principal causa da extinção da Supercopa, que havia tido uma boa recepção do público e da imprensa e grandes jogadores em campo.

A Supercopa será, inclusive, reconhecida no Ranking de Clubes da Conmebol, segundo informações no site da Conmebol em 15 de dezembro de 2006.